Gajary ležia na Záhorskej nížine na terase rieky Moravy. Rovinný chotár tvoria treťohorné íly, piesky, na nich štvrtohorné terasové štrkopiesky, nivné uloženiny a viate piesky. Má hnedé lesné, mačinové, lužné a nivné pôdy. Zalesnený je ostrovčekmi borovicových a lužných lesov (vlastivedný slovník obcí na Slovensku).

Územie Záhoria, hlavne jeho časť ležiaca pri rieke Morave, bolo osídlené už v dobe, kam siahajú stopy ľudského osídlenia u nás. Životnou tepnou tohto kraja bola rieka Morava, pri ktorej nachádzame i na našom ľavom brehu súvislý pás pravekých sídlisk. Gajarská lokalita pri Morave poskytuje nálezy, ktoré môžeme datovať do neolitu, t.j. do doby 4000 - 3000 rokov pred nar. Krista. Duna, ktorej sa hovorilo Stolička ležala asi 250 m od brehu rieky, pri jednej z najlepších a najfrekventovanejších brodov. Našla sa v nej najstaršia keramika z doby neolitickej, čiže mladšej doby kamennej.

Ďalším obdobím osídľovania gajarského chotára je eneolit, ktorý kladieme do rokov 3000 - 1900 pred nar. Krista. Z tejto doby sa našli v Gajaroch tri sídliská. Jedno na hlinisku za posledným mostom vľavo od cesty do rakúskej dedinky Dürnkrut, druhú na Stoličke a tretie na samote Vrablicová.

Nálezy z obdobia doby bronzovej (1500 - 1200 pred n.K) sú podstatne bohatšie. V lokalite Stolička sa našiel celý cintorín skrčencov. Ich hrdlá zdobili náhrdelníky s kúskami jantáru, čo svedčí o tom, že osada mala už vtedy zahraničné styky a čulý obchodný ruch. Jantár sa dopravoval až od Baltického mora po tzv. jantárovej ceste.

Po dobe bronzovej nastala doba železná, čo potvrdzujú ďalšie vykopávky v Gajaroch.Poslednou fázou doby železnej je doba laténska. S tejto doby sa v Gajaroch na Stoličke našiel mlynský kameň - žarnov s tyrolského vápenca a sekierka, čo svedčí o usadlom roľníckom živote.

V období staroveku Rimania stavali na dunách svoje strážne veže a pozorovacie stanice. Na Stoličke sa našli časti výstroja rímskeho vojaka a veľa rímskych črepov.

V dobe veľkého sťahovania národov sa na území Gajar usadili Slovania natrvalo. Z predchádzajúcich kmeňov nie vždy a všetci odchádzali. Miešali sa po celé stáročia s novoprichádzajúcimi obyvateľmi, čím sa vyformovala skupina prvých predkov „Pragajaranov".